在收复台湾以后，郑成功改台湾城为东都，彰显了他矢志不渝抗击达虏的决心。
　　
　　尽管荷兰人还有最后一两处据点没有拔出，但他还是毅然决定开垦台湾。
　　
　　郑经也没有阻止，而且他从父亲起的名字中感悟到了另一层含义。
　　
　　他亲自带领朱霸、万礼、何延彬等人巡视新港、目加溜湾、肖垄、麻豆、大目降、大武垅、他里雾、半线等地。“见其土地平坦膏沃”，适合屯田养兵。
　　
　　当时台湾地广人稀，高山族和台湾汉族同胞“计口而种，不贪盈余”，土地利用率很低，便于移民垦荒。
　　
　　他对高山族同胞“赐以烟、布，慰以好言”，严禁部卒侵犯他们的利益。视察归来以后，郑成功立即召集各提督、镇将和参军议事，在会上说：“大凡治家治国，以食为先。
　　
　　苟家无食，虽亲如父子夫妇，亦难以和其家；苟国无食，虽有忠君爱国之士，亦难以治其国。今上托皇天重庇，下赖诸君之力，得有此土。
　　
　　然计食之者众，作之者寡，倘饷一告匮，而师不宿饱，其欲兴邦固国恐亦难矣。故昨日躬身踏勘，揆审情形，细观土地，甚是膏腴。当效寓兵于农之法，庶可饷无匮，兵多粮足，然后静观衅隙而进取。”接着提出具体部署：“留勇卫、侍卫二旅以守安平镇、承天二处。
　　
　　其余诸镇，按镇分地，按地开荒。日以什一者了望，相连接应，轮流造更。是无闲丁，亦无逸民。插竹为社，斩茅为屋。围生牛教之以犁，使野无旷土，而军有余粮。其火兵则无贴田，如正丁出伍，贴田补入可也。其乡仍曰‘社’，不必易；其亩亦曰‘甲’，以便耕。
　　
　　在视察过程中，各处台湾的汉族移民和高山族同胞列队欢迎，更使他感到民风淳朴。
　　
　　台湾高山族族长和郭怀义将军并列，一直在为郑家军顺利攻取台湾而祝贺着。
　　
　　高山族族长面带笑意的看着郑森，说道。
　　
　　“郑大帅此举顺天承运，赶走危害台湾的荷兰人，与我们久受荷兰人欺压的台湾人民来说，实属救命之恩，请受老夫一拜。”
　　
　　说完，他做出一个下跪的举动，似乎就要跪下，一旁的郑经看了撇撇嘴，在心里直骂他老狐狸。
　　
　　郑森不知其然自以为他是真要下跪，连忙扶住他，不让他跪下。
　　
　　“使不得，使不得，族长您是要折煞我呀？”
　　
　　
　　听他这样说，他也顺水推舟起来，但拉过一旁的小姑娘，带到身前，
　　
　　“娜依，还不见过郑大帅，如果不是郑大帅的军队，我们高山族还不知道要被荷兰人欺负多久呢！娜依快点跪下，谢谢郑大帅的救命之恩。”
　　
　　娜依原本是个被高山族长宠坏了的丫头，在族中，高山族长对她基本上是有求必应，原本她也不想对一个陌生人下跪，但一想到对方以后可能是她的……她心里就如同有一只小鹿一般，直乱跳，也顺便跪了下来，扎扎实实的磕了一个响头。
　　
　　“娜依替爹爹和高山族全族百姓谢谢郑大帅救命之恩。”
　　
　　说完她还悄悄撇了一眼站在他身旁的那个小男孩，见他五官端正，长得煞是好看，不由得脸蛋变得红扑扑的。
　　
　　郑经正好瞧见了这一幕，他心里正纳闷着。
　　
　　“好几天没照镜子，难道哥又帅了？”
　　
　　郑森连忙也将她扶起，而此时高山族族长又说话了，
　　
　　“娜依呀，你不是常和父亲说仰慕郑大帅风采，想要亲自去见见，这里你郑伯伯就在这，你还不说点什么。”
　　
　　高山族长的话，让郑森有些蒙，不知道他葫芦里卖的是什么药。
　　
　　而娜依听了爹爹的话，脸蛋更红了，都红到了脖子根处。
　　
　　“郑伯伯，娜依想去郑家做一个丫鬟侍女，侍候……郑小少爷。”
　　
　　“什么！侍候我？”
　　
　　郑经惊得眼珠子都要掉了出来，只觉得这丫头是不是吃错了药，他们明明只见过两面。
　　
　　“该不会这小丫头片子对本少爷有什么企图吧！”
　　
　　郑经菊花一紧，开始胡思乱想起来，他想到的是鹿鼎记中的那个建宁公主，然而再看看娜依小丫头，越看越有点像。
　　
　　就在郑经心里默默念叨父亲不会答应的时候，父亲突然别有深意得看了他一眼，然后说了一句，
　　
　　“可以，侄女想到伯伯府里玩儿，当然可以，不过，侄女在我府里，谁敢把她当做侍女，哈哈哈！”
　　
　　这下轮到郑经尴尬了。
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　　看看南明那边的情况，
　　五月初十日夜间，朱由崧同马士英等逃出南京后，原来的意图是避往浙江杭州。不料途经溧水县时遭到当地土兵的拦截抢掠，混乱之中，马士英的儿子马銮带领勇卫营兵拥簇着弘光帝奔往太平府（府治在当涂），太平府官不知道是怎么回事，闭门不纳。
　　
　　黄道周在奏疏中说：“恭闻皇太后陛下自五月十一日与圣驾分离，南渡溧水，过独松关，遂涉余杭，东至临安。”在另一篇文章里他又写道：“实五月十有上与慈禧宫（即邹太后）同出都门，马辅以其母与圣母同为乘舆，渡溧水，为土兵所掠。马辅之子统家兵八千人遽拥上西行。马家父子知之，上与慈禧宫邈然不知也。抵杭之日，诸士民从马辅求圣驾，马辅但云：‘圣驾亲征，早晚奏捷，何皇皇为？’熊给事雨殷就坐中责马辅：‘亲征重事，何首辅不知，而专属之乃子？’俛首无以应也。”
　　
　　可见马士英是同弘光帝、邹太后一道逃出南京，行至溧水后才东西分窜。某些史籍记初十日晚上朱由崧在太监卢九德的唆使下秘密出逃，马士英、阮大铖第二天早晨才得知皇帝跑了，匆忙收拾细软逃离南京，是一种讹传。
　　
　　黄得功在击败东犯的左梦庚军后领兵屯驻于芜湖，对京城的变故一无所知，皇帝的突然驾到使他大吃一惊。问明缘由后，他不胜感慨地说：“陛下死守京城，以片纸召臣，臣犹可率士卒以得一当。奈何听奸人之言，轻弃社稷乎！今进退无据，臣营单薄，其何以处陛下？”
　　
　　尽管他已经意识到朱由崧张皇失措，无可救药，仍然决定效忠到底，把这位昏愦的皇帝迎接进自己的军营。据说，弘光在芜湖曾下诏“郑彩、黄蜚、方国安、杜弘域、卜从善皆晋伯爵，大铖、大典拜左、右相，共统师扈上回銮，复为守御（南京）计。然已无及矣”。