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为宰崔昭纬交结藩镇、结党营私，甚至借镇势力压在皇帝，唐昭宗又了被贬的张浚、孔纬，这二人是格刚人士。
六月初，诏令被贬为均州刺史的孔纬、绣州司户张浚担任太子宾客。初六，朝廷又任孔纬为吏尚书。
初七，又授孔纬为司空，兼任门侍郎、章。任张浚为兵尚书、诸租庸。当时孔纬、张浚居住在华州，孔纬为身有病，乘车来京师坚决推辞，唐昭宗不准。不久，孔纬病死了。
李克用唐昭宗声称王行瑜、李茂贞、韩派兵进犯京师，残害朝大臣，请求讨伐们。李克用又给王行瑜、李茂贞、韩节征讨檄文，王行瑜恐惧。
李克用的军队达绛州时，绛州刺史王瑶闭城抵抗。李克用兵攻城，十，攻克绛州，王瑶在军营的大门被斩杀，城内进行抵抗的一千余人被杀。
七月初一，李克用达河，王珂在路迎接。
而王行瑜的弟弟、匡国节王行约在朝邑打了败仗，七月初放弃州（大荔县）逃跑，快达京师长安。王行约还有一弟弟王行实当时担任京师左军指挥，率领手人马与王行约一在长安西市大肆抢掠。王行实还唐昭宗奏称州、华州已经沦陷，李克用的沙陀军了，请皇帝的车驾邠州避难。
枢密骆全瓘奏请皇帝巡凤翔。唐昭宗说：“朕收了李克用的章，率军在河驻扎。即是李克用达这里，朕自有办应付，们带自己的军队。”
京师的右军指挥李继鹏是凤翔节李茂贞的养子，与骆全瓘准备劫持唐昭宗往凤翔。尉刘景宣与王行实劫持昭宗往邠州。孔纬当面驳斥刘景宣，认为皇帝不轻易离开长安。
当傍晚，李继鹏接连奏请昭宗走凤翔，王行约不希望李继鹏抢先劫走昭宗，带领的左军攻打李继鹏的右军，李继鹏又放火焚烧宫门，战斗声惊动。
当时有盐州六军队驻扎在京师，唐昭宗便紧急诏令这支军队入宫护卫，盐州六军队达，左、右两支军队撤退，左军返回邠州，右军返回凤翔。长安城内混乱，处抢劫。
有传说王行瑜、李茂贞亲自来长安迎接皇帝，唐昭宗担心被们逼迫，令禁军头李筠、李居实的军队进行护卫，从长安城南面奔往南山。当时朝廷百官大没有来及跟随，有户尚书、薛王李知柔首先赶，追随昭宗车驾的百姓暑饥饿而死的人有一。
唐昭宗诏令李克用、王珂别派一万骑兵讨伐叛军，又诏令彰义节张鐇带领泾军队防备凤翔的李茂贞。
李克用接受诏令，派遣军队先进攻华州的韩，恰巧这时李茂贞带领万岐州军队已，王行瑜率领邠州军队达兴县，迎接唐昭宗的车驾。李克用除对华州的围攻，赶往长安的渭桥。
当唐昭宗在南山停留十几，邠州、岐州的军队快了，唐昭宗派延王李戒丕赴河，催促李克用开进军队。
895七月二十七日，李克用的军队从河。唐昭宗又派遣供奉官张承业往李克用的军营，趁留在李克用的军营做监军，进行监视。
八月初，李克用令军队渭桥开进，派遣李存贞为锋，又派遣史俨带领千骑兵赴石门镇护卫唐昭宗。初九，李克用又派李存信、李存审会保大节李思孝攻打驻扎在梨园寨（淳县境内）的王行瑜，擒获了王行瑜的将王令陶人。
李茂贞这时感恐惧，担心自己被诛杀，是杀死养子李继鹏，头颅送石门镇唐昭宗的住，朝廷请求治的罪，还派李克用求。
唐昭宗派遣延王李戒丕、丹王李允告诉李克用，先暂且赦免李茂贞，消灭王行瑜，朝廷会再商议处置李茂贞。
朝廷还贬宰崔昭纬为梧州司马，任护国军留王珂为节，为王珂获了李克用的支持。
895八月十，朝廷革除邠宁节王行瑜的官职爵，兵讨伐（邠宁节治在邠州（今陕西彬州），辖区是邠州、宁州、庆州）。
任李克用为邠州面行营招讨，保大节李思孝为北面招讨，难节李思谏为东面招讨，彰义节张鐇为面招讨。
做完这一番安排，唐昭宗的车驾返回长安，李克用派遣骑兵护驾。
李克用率军猛攻梨园寨，王行瑜李茂贞求救。李茂贞派一万人驻扎在龙泉镇，自己率领万人开往咸阳附近。
李克用奏请朝廷让李茂贞返回凤翔，革除的官职。唐昭宗认为李茂贞的罪过已经赦免，是诏令李茂贞返回凤翔，依希望李克用与李茂贞。
朝廷还任昭义节李罕担任检校侍、邠宁面行营副统。史俨又在云阳打败王行瑜的军队，擒获云阳镇王令诲，进献给朝廷。
李克用打了胜仗，唐昭宗给奖赏，魏国夫人陈氏的才姿色群冠宫，唐昭宗陈氏赐给李克用为奖赏。
十月初，李存贞在梨园寨北打败王行瑜的邠宁军队，杀死一千余人。从，梨园寨不敢再战，城内粮食吃完，城里的军队弃城逃跑。
李罕攻克了王行瑜军队的营寨，斩杀一万余人，擒获王行瑜的儿子王知进、大将李元福，李克用随进驻梨园寨。
王行约、王行实兄弟二人见哥哥兵败，放火焚烧宁州城逃跑。李克用奏请匡国节苏文担任静难节，镇暂设在宁州。
王行瑜带领千精兵驻守龙泉寨，李克用继续率军攻打。驻扎在的李茂贞带领千人救援王行瑜，遭李罕的袭击，李茂贞撤兵而走。
十一月初，李罕攻克龙泉寨，王行瑜逃入邠州城，派遣李克用请求投降。
李克用再率兵攻打邠州城，王行瑜登城哭诉说兵长安是被李茂贞、李继鹏逼迫的，自己愿朝廷投降。李克用不答应，王行瑜带领族人弃城而走，当走庆州境内时，王行瑜被杀死，首级传至京城。