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高卢战争获得的巨大声望，让人在罗马的庞培感到不安。再加上西元前53年，东征帕提亚的克拉苏战败身亡，三头政治不稳，元老院顺势拉拢庞培。前49年，元老院向凯撒发出召还命令，命令凯撒回罗马，凯撒回信表示希望延长高卢总督任期，元老院不但拒绝，还发出元老院最终劝告，表示凯撒如果不立刻回罗马，将宣布凯撒为国敌。
凯撒带军团到国境线卢比孔河(Rubicon)。罗马法律规定，任何指挥官皆不可带著军队渡过卢比孔河，否则就是背叛罗马。凯撒思索半天之后，讲出一句名言，“渡河之后，将是人世间的悲剧；不渡河，则是我自身的毁灭。”于是，他带著军团渡过卢比孔河。凯撒的举动震动庞培以及元老院共和派议员，他们没想到凯撒竟然如此大胆，急忙带著家当逃离意大利半岛。于是，凯撒不流血进入罗马城，要求剩余的元老院议员选举他为独裁官。
接著，他征讨西班牙、希腊，在公元前48年的法尔萨拉斯(Pharsalus)会战中彻底击败庞培，并追击庞培到埃及。埃及人为了讨好凯撒，让他支持现任国王托勒密十三世，刺杀庞培之后，将庞培的人头献给凯撒。然而，凯撒却宣布埃及王位由托勒密十三世与他的姐姐克利奥佩脱拉(Cleopatra，即埃及艳后)共享。此举惹恼埃及人，爆发亚历山大战役。凯撒带领的第六军团艰苦抵抗埃及军，再加上援军到达，彻底击败埃及军，托勒密十三世阵亡，克利奥佩脱拉登上埃及王位。遗憾的是，在会战期间，凯撒士兵所发射的火箭命中亚历山大城的大图书馆，六十多万本书毁于一旦。在亚历山大战役结束后，凯撒与克利奥佩脱拉进行一次为期两个月的尼罗河之旅，接著征讨破坏与罗马之间协约的潘特斯王国，胜利之后，他给元老院写一封信，里面只有三个字，“Veni，Vidi，Vici(我来、我见、我征服)。”
前46年，凯撒回罗马之后，再次召集军队，攻打逃至北非与努米底亚王犹巴结成同盟的庞培余党，于塔尔索斯会战中获得完全胜利。之后，凯撒回到罗马，进行长达十天的凯旋式。